Direktorat ini bertanggung jawab untuk mengelola dan mengembangkan pendidikan tinggi Islam di Indonesia, seperti Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) yang meliputi UIN, IAIN, dan STAIN. Dit PTKI juga mengawasi perguruan tinggi keagamaan Islam swasta serta menjalankan berbagai program pengembangan akademik, penelitian, dan pengabdian masyarakat di lingkup pendidikan tinggi Islam.
